Para corrigir modelos 3D invisíveis em atlas, comece por verificar os caminhos das texturas, a visibilidade/transparência do material e a colocação/escamação do modelo.
Garanta que o ficheiro de textura do atlas esteja na pasta correta (repare os caminhos quebrados). Desative a transparência acidental do material e confirme que a visibilidade está ativada. Verifique se o modelo está demasiado pequeno ou colocado fora da vista do atlas.
Se os problemas persistirem, reimporte o modelo com um mapeamento UV adequado (os atlas dependem dos UVs para as texturas) ou utilize a função "atualizar" da ferramenta de atlas para recarregar os recursos.