プレハブの3Dモデルを縮小（幾何学を簡素化したり、ポリゴンの数を減らしたり）するための無料ツールには、Blender、MeshLab、Simplygon Freeなどがあります。
Blenderには、手動または自動でシンプル化するための組み込みのデシメーションモディファイアがあり、FBXのような一般的なプレハブ形式をサポートしています。MeshLabは、バッチ処理やメッシュのクリーニングに優れています。
Unity/Unrealのユーザーは、Blenderのダイレクトインポート/エクスポートやSimplygonのプラグインを試してください。これらを利用すると、余計なステップを経ることなく、プレハブのワークフローをスムーズに実現できます。