ゴドットでFBXモデルが歪む主な原因は、インポート設定が不一致であるためです。
ゴドットはデフォルトでY-upを使用しているため、Z-upモデル（Blenderなどから）が不正確に回転する可能性があります。「インポートスケール」値が間違っていると、ジオメトリが引き延ばされる可能性があります。元のソフトウェアで不均一なスケーリング（エクスポート前に適用されていない）も歪みの原因になります。
修正：Godotのインポート設定でFBXの「インポートスケール」を1.0にリセットするか、モデルをエクスポートする前にスケールを適用（BlenderでCtrl+A）してください。