FBXは、モデルデータ(ジオメトリ、テクスチャ、アニメーション)をツール間で共有するための汎用的な3Dファイル形式ですが、Unity 3Dモデルは、コリダーやスクリプトなどのエンジン固有の設定でUnityエンジンに最適化されています。
FBXはBlender、Mayaなどのソフトウェアと互換性があり、クロスツールのコラボレーションに最適です。しかし、Unityモデルには追加機能が含まれています。
Unityでモデルを使用するには、まずFBXとしてエクスポートします(UnityはFBXをシームレスにインポートします)。次に、Unity特有のコンポーネント(コリダーなど)を追加して、完全なUnity 3Dモデルに変換します。

