Tu modelo 3D de Unity parpadea durante la retopología manual principalmente debido a la geometría superpuesta (lucha Z) o a las normales de vértices incorrectas.
Las caras/bordes superpuestos hacen que el renderizador tenga dificultades para priorizar las superficies, lo que provoca parpadeos. Las normales invertidas o inconsistentes interrumpen el sombreado de la luz, lo que también conduce a parpadeos.
Arreglalo usando tu herramienta de retopología.