Substance Designer інтегрується з іншими інструментами 3D-дизайну за допомогою стандартизованих форматів файлів і спеціальних плагінів, забезпечуючи безперешкодні зв'язки між робочими процесами з матеріалами на різних платформах.
Він в основному експортує процедурні матеріали у вигляді файлів .sbsar, універсального формату, сумісного з основними інструментами, такими як Blender, Maya, 3ds Max, Unreal Engine та Unity. Це дозволяє прямий імпорт матеріалів, збереження їх процедурних властивостей для легкої адаптації після імпорту.
Багато 3D-інструментів пропонують офіційні або сторонні плагіни.
Якщо виникають проблеми з інтеграцією, наприклад, помилки імпорту або відсутність функцій, звернення до документації плагіна цільового інструменту або офіційних керівництв з сумісності Substance дозволяє швидко вирішити проблеми з налаштуванням або версією.